M
用 户 手 册 v1.0
当前管理策略
为了更有效的利用计算资源, 我们目前采用如下管理策略:
1. 本系统以做磁盘配额，每人最大磁盘配额为2G, 如果用户的磁盘用量达到2 G,就不能再写入数据，所以必须及时将自己的数据转移到本地计算机上.
2. /m分区是20G的共用分区, 如果用户的任务有较大的数据输出，可以在/m下建一个以自己名字命名的目录，在这个目录下提交任务，输出的数据也将写在这个目录下。这只是一个临时目录，计算完成后请用户及时将自己的数据删除。如果管理员发现有用户在这个分区下长期占用大量空间导致其他用户无法使用此分区，管理员有权利清除该用户在此分区的目录。
3. 目前用户任务最大运行时间为240小时(10天)
4. 目前有三个组在M上工作, 每个组的最大任务数为16.
任务提交脚本
请按照以下格式书写
1） 串行任务脚本pbsjob
#!/bin/sh
###
Job name
#PBS
-N pbsjob
###
Output files
#PBS
-o pbsjob.out
#PBS
-e pbsjob.err
###
Queue name
#PBS
-q workq
### CPU number
#PBS
-l nodes=1:ppn=1,walltime=20:00:00
###
Script Commands
cd
$PBS_O_WORKDIR
./executable
file
exit
0
2)
基于LAM-MPI的并行任务脚本pbsjob
#!/bin/sh
###
Job name
#PBS
-N pbsjob
###
Output files
#PBS
-o pbsjob.out
#PBS
-e pbsjob.err
###
Queue name
#PBS
-q workq
### CPU number
#PBS
-l nodes=1:ppn=1,walltime=20:00:00
###
Script Commands
cd
$PBS_O_WORKDIR
lamboot
$PBS_NODEFILE
mpirun
C executable file
lamhalt
exit
0
注意，这两个脚本跟以前用的脚本有一点变化，就是在PBS –l 这一行必须加上参数walltime=00:00:00(hour:minute:second)，这个参数是用来申请运行时间的。请估计任务的最大运行时间，然后设置一个比任务最大运行时间稍大的walltime. walltime 所能取的最大值是240:00:00，超过这个值，任务将不能运行。如果没有这个参数，任务也不能运行。
用户常用命令
显示当前目录:
ls –l
用户修改自己的密码
passwd
任务提交:
qsub
pbsjob
查看任务状态和jobID
qstat
或者
showq
删除正在运行的任务
qdel jobID
更详细的使用请查阅pbs连机手册，在命令终端输入man qstat, man qsub, man qdel 即可。
查看磁盘用量:
在用户根目录下键入
du
–sh
查看自己的磁盘配额状态
quota
–v
为了提高机群的使用效率，用户在提交任务之前务必最大限度的优化自己的程序，编译时加入合适的优化选项。编译时加入了优化选项的程序会比没加优化选项的快很多。与硬件有关的优化选项有FFLAGS="-c -O3 -march=pentium4"
有关用户帐号和系统故障, 请与系统管理员联系:
[email protected]