虽然 PHP 4 带来了许多新功能、函数和扩展，但是会发现一些原本在 PHP 3 中存在的函数不见了。少量的内核函数被取消，因为它们不符合 Zend engine 新的解析――执行的模式。另外一些函数甚至是扩展完全的被荒废，是因为新的函数可以更好的完成旧函数的功能。一些函数只是空函数，而另一些因为版权冲突而取消了。
PHP 4 现在将解析从执行中分离，因此不可能在运行时间改变解析器（现在已经嵌入 Zend engine）的行为，此时已经解析完毕了。所以函数 short_tags() 不再存在。仍然可以对 php.ini 文件设置适当的值以改变编译器的行为。
另一个 PHP 3 的功能在 PHP 4 中不复存在：内部捆绑的 debug 接口。现在有第三方 Zend engine 的 add-ons 有着类似的功能。
Adabas 和 Solid 数据库扩展不再推荐使用。最好使用统一的 ODBC 扩展代替。