PHP 遵从大多数服务器系统中关于文件和目录权限的安全机制。这就使管理员可以控制哪些文件在文件系统内是可读的。必须特别注意的是全局的可读文件，并确保每一个有权限的用户对这些文件的读取动作都是安全的。
PHP 被设计为以用户级别来访问文件系统，所以完全有可能通过编写一段
PHP 代码来读取系统文件如
/etc/passwd，更改网络连接以及发送大量打印任务等等。因此必须确保
PHP 代码读取和写入的是合适的文件。
请看下面的代码，用户想要删除自己主目录中的一个文件。假设此情形是通过
web 界面来管理文件系统，因此 Apache 用户有权删除用户目录下的文件。
例子 26-1. 不对变量进行安全检查会导致……
<?php
// 从用户目录中删除指定的文件
$username = $_POST['user_submitted_name'];
$homedir = "/home/$username";
$file_to_delete = "$userfile";
unlink ("$homedir/$userfile");
echo "$file_to_delete has been deleted!";
?>
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既然 username 变量可以通过用户表单来提交，那就可以提交别人的用户名和文件名，并删除该文件。这种情况下，就要考虑其它方式的认证。想想看如果提交的变量是“../etc/”和“passwd”会发生什么。上面的代码就等同于：
例子 26-2. ……文件系统攻击
<?php
// 删除硬盘中任何 PHP 有访问权限的文件。如果 PHP 有 root 权限：
$username = "../etc/";
$homedir = "/home/../etc/";
$file_to_delete = "passwd";
unlink ("/home/../etc/passwd");
echo "/home/../etc/passwd has been deleted!";
?>
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有两个重要措施来防止此类问题。
只给 PHP 的 web 用户很有限的权限。
检查所有提交上来的变量。
下面是改进的脚本：
例子 26-3. 更安全的文件名检查
<?php
// 删除硬盘中 PHP 有权访问的文件
$username = $_SERVER['REMOTE_USER']; // 使用认证机制
$homedir = "/home/$username";
$file_to_delete = basename("$userfile"); // 去除变量中的路径
unlink ($homedir/$file_to_delete);
$fp = fopen("/home/logging/filedelete.log","+a"); // 记录删除动作
$logstring = "$username $homedir $file_to_delete";
fwrite ($fp, $logstring);
fclose($fp);
echo "$file_to_delete has been deleted!";
?>
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然而，这样做仍然是有缺陷的。如果认证系统允许用户建立自己的登录用户名，而用户选择用“../etc/”作为用户名，系统又一次沦陷了。所以，需要加强检查：
例子 26-4. 更安全的文件名检查
<?php
$username = $_SERVER['REMOTE_USER']; // 使用认证机制
$homedir = "/home/$username";
if (!ereg('^[^./][^/]*$', $userfile))
die('bad filename'); // 停止执行代码
if (!ereg('^[^./][^/]*$', $username))
die('bad username'); // 停止执行代码
//后略……
?>
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根据操作系统的不同，存在着各种各样需要注意的文件，包括联系到系统的设备（/dev/
或者 COM1）、配置文件（/ect/ 文件和 .ini文件）、常用的存储区域（/home/ 或者 My
Documents）等等。由于此原因，建立一个策略禁止所有权限而只开放明确允许的通常更容易些。