MySQL Native Driver は、MySQL Client Library (libmysql) の後継です。 MySQL Native Driver は、PHP 5.3.0 以降の公式ソースにその一部として組み込まれています。
MySQL データベース用の拡張モジュールである MySQL や mysqli そして PDO MYSQL は、 すべて MySQL サーバーと通信します。 かつては、これらの拡張モジュールがサーバーと通信するときには MySQL Client Library が提供するサービスを使っていました。 これらの拡張モジュールをコンパイルするときに MySQL Client Library を組み込み、そのクライアント・サーバープロトコルを使っていたのです。
今や MySQL Native Driver がその代替として登場したので、 MySQL データベース用の拡張モジュールをコンパイルするときに MySQL Native Driver を使えば MySQL Client Library なしでもコンパイルできるようになったのです。
MySQL Native Driver は、C 言語で書かれた PHP 用拡張モジュールです。