By zainstalować rozszerzenie mysqli dla PHP należy użyć opcji konfiguracyjnej --with-mysqli=mysql_config_path/mysql_config , gdzie mysql_config_path wskazuje na ścieżkę dostępu do programu mysql_config, który występuje w wersjach MySQL powyżej 4.1.
Jeśli chcesz zainstalować rozszerzenie mysql razem z rozszerzeniem mysqli musisz użyć tej samej biblioteki klienckiej w celu uniknięcia konfliktów.