În PHP 5 au survenit unele schimbări în privința bazelor de date (MySQL și SQLite).
În PHP 5 bibliotecile clientului MySQL nu sunt încorporate din cauza problemelor de licențiere și a altor probleme. Pentru mai multe informații citiți înregistrarea FAQ.
De asemenea este o nouă extensie, MySQLi (MySQL îmbunătățit), care este proiectat să lucreze cu MySQL 4.1 și ulterior.
Începând cu PHP 5, extensia SQLite este încorporată în PHP. SQLite este un motor de baze de date SQL ușor încorporabil și nu este o bibliotecă-client utilizată pentru conectarea la un server mare de baze de date (ca MySQL sau PostgreSQL). Biblioteca SQLite citește și înscrie direct în fișierele cu baza de date de pe disc.