Hubo algunos cambios en PHP 5 relacionados con bases de datos (MySQL y SQLite).
En PHP 5 las bibliotecas de cliente MySQL no se incorporan, debido a problemas de licencias y otros. Para más información revise las preguntas frecuentes.
Hay también una nueva extensión, MySQLi (MySQL mejorado), diseñada para funcionar con MySQL 4.1 y superior.
A partir de PHP 5, la extensión SQLite viene incorporada en PHP. SQLite es un motor de bases de datos empotrable. No es una biblioteca cliente que se use para conectar a un gran servidor de bases de datos (como MySQL o PostgreSQL). La biblioteca SQLite lee y escribe directamente a y de la base de datos en el disco.