Para obtener una conexión se utiliza la misma sintaxis que para obtener una base de datos:
<?php
$connection = new MongoClient();
$db = $connection->baz;
// seleccionar una colección:
$collection = $db->foobar;
// o, directamente una base de datos y una colección:
$collection = $connection->baz->foobar;
?>
Las colecciones son análogos a las tablas (para aquéllos que estén familiarizados con bases de datos relacionales).
La documentación API de la clase MongoCollection contiene más información sobre objetos de colecciones.