Essa sessão de faq ajudará a você migrar do PHP 4 para o PHP 5.
Apesar do PHP 5 oferecer muitas vantagens novas, ele foi feito para ser o mais compatível possível com as versões anteriores com poucas funcionalidades sendo perdidas no processo.
Leia o apêndice de migração para o PHP 5 deste manual pois ele contêm ainda mais informações no tópico de migração para o PHP 5.
MySQL é suportado com apenas a modificação de não ser mais habilitado por default in PHP 5. Isso essencialmente significa que o PHP não inclui a opção --with-mysql na linha configure então você deve fazer isso manualmente quando compilando o PHP. Usuários do Windows editarão php.ini e habilitarão a DLL php_mysql.dll já que no PHP 4 essa DLL não existia, era simplesmente montada no seus binários do PHP para o Windows.
Além disso, as bibliotecas de cliente do MySQL não são mais bundled com o PHP. Mais detalhes nesse tópico são abrangidas no seguinte FAQ e leia também a seção MySQL para detalhes sobre instalação do MySQL. Um exemplo de linha de configure seria --with-mysql=/usr enquanto usuários do Windows precisarão do arquivo libmySQL.dll disponível no sistema.
A principal mudança no PHP 5 é o modelo de POO já que o PHP 5 agora usa o Zend Engine 2.0. A diretiva zend.ze1_compatibility_mode permite compatibilidade com o Zend Engine 1.0 (PHP 4).
O novo modelo de POO está documentado nas seções OOP language reference e OOP migration appendix.
Algumas poucos modificações exitem, veja o apêndice 5 de migração para detalhes. Não haverá uma versão específica do manual do PHP para a versão 5 já que o cerne do PHP ainda é o mesmo.