O PHP vem por padrão com muitas funções e contrutores. Também existem funções que necessitam que uma extenção especifica esteja compilada, se não erros fatais "undefined function" (função não definida) irão aparecer. Por exemplo, para usar as funções image como imagecreatetruecolor(), o PHP deve ser compilado com suporte GD. Ou, para usar mysql_connect(), PHP deve ser compilado com suporte MySQL. Existem muitas funções do núcleo que são incluídas em cada versão do PHP, como string e variable. Uma chamada a phpinfo() ou get_loaded_extensions() irá mostras quais extenções estão carregadas no PHP. Note também que várias extenções são ativadas por padrão e que o manual do PHP é dividido por extenção. Veja configução, instalação, e os capitulos individuais das extenções para como configurar o PHP.
A leitura e entendimento de um protótipo de função é explicado na seção do manual entitulada como ler uma definição de função. É importante perceber o que a função retorna ou se a função trabalha diretamente no valor passado como argumento. Por exemplo, str_replace() irá retornar a string modificada enquanto usort() trabalha na própria variável passada no argumento. Cada página do manual também contém informações específicas de cada função, como: parâmetros da função, mudanças de comportamento, valores de retorno tanto para sucesso e erros, como outras informações disponíveis. O conhecimento destas diferenças importantes é crucial para escrever corretamente seu código PHP.
Nota: Se os parâmetros dados a uma função não forem o que ela espera, como passar um array aonde um string é esperado, o valor de retorno da função é indefinido. Neste caso provavelmente irá retornar
NULLmas isto é apenas uma convenção, e você não pode depender disso.
Veja também function_exists(), a referência de funções, get_extension_funcs() e dl().