Les blocs de commentaire de la documentation en ligne (docblocks) doivent être fournis. Lisez les sections sur le fiche exemple et sur les blocs d'en-tête des commentaires sur les standarts de codage pour apprendre les spécificité de l'écrituredocblocks pour les paquets PEAR. Plus d'informations peuvent être trouvées sur le site web de la phpdocumentor.

Les commentaires non inclus dans la documentation sont vivement encouragés. La règle générale est que, si en regardant une portion de code, vous pensez "Wauouh, je ne veux pas me lancer dans cette explication", il faut absolument la commenter tout de suite avant que vous n'oubliez comment cela fonctionne.

Les commentaires du type C (/* */) et les commentaires standard C++ (//) sont tous les deux acceptés. Les commentaires de type Perl/shell (#) sont à éviter.