phpDocumentor ist ein vollständiges Dokumentationswerkzeug analog zu JavaDoc geschrieben in PHP. Es unterscheidet sich erheblich von PHPDoc: es ist wesentlich schneller, einem besserem Parser und bietet bessere Anpassungsmöglichkeiten und Ausgabeformate mit 11 verschiedenen HTML-Templates, Windows-Help-Dateien im CHM-Format, PDF, und XMLDocBook. Letzteres ist kompatibel zur Auszeichnungsform, wie sie in diesem Handbuch verwendet wird. Weiterhin beherrscht es Syntax-Hervorhebung und Code-Verlinkung wie bei PHPXref.