Первые составляющие части PEAR находились в директории php4/pear/, и поставлялись вместе с каждым релизом PHP.

Все последующие релизы PEAR не будут поставляться вместе с PHP. PEAR просто стал слишком большим для того, чтобы поставляться с каждым релизом. Поэтому, было принято решение разделить эти два проекта и создать новую директорию в CVS - pear/. Оставшиеся в php4/pear/ элементы в скором времени тоже будут перемещены. Вместе со следующими релизами PHP будут поставляться только базовые классы и менеджер пакетов PEAR.