默认为将 PHP 编译为 CLI 和 CGI 程序。这将建立一个命令行解释器，可用于 CGI 处理或非 web 相关的 PHP 脚本。如果用户运行着一个 PHP 模块支持的 web 服务器，那通常为性能考虑应该使用模块方式。不过，CGI 版可以使 Apache 用户用不同的用户 ID 运行不同的 PHP 页面。
服务器使用 CGI 方式进行部署可能存在几个公开的缺陷。请阅读 CGI 安全一章 以学习 如何抵御这些攻击。
如果将 PHP 编译为 CGI 程序，可以通过键入 make test来测试你的编译。测试一下编译永远是个好主意。这样就可以在你的平台上及早捕捉到 PHP 的问题而不是以后再费力的解决。
某些 服务器提供的环境变量没有定义在当前的 » CGI/1.1 标准中。只有下列变量定义在其中： AUTH_TYPE， CONTENT_LENGTH, CONTENT_TYPE, GATEWAY_INTERFACE, PATH_INFO, PATH_TRANSLATED, QUERY_STRING, REMOTE_ADDR, REMOTE_HOST, REMOTE_IDENT, REMOTE_USER, REQUEST_METHOD, SCRIPT_NAME, SERVER_NAME, SERVER_PORT, SERVER_PROTOCOL, 和 SERVER_SOFTWARE. 其它的变量均作为“供应商扩展（vendor extensions）”来对待。