FreeBSD MBR 放置在 /boot/boot0。 这是真实 MBR 的一份 复制品，真正的 MBR 必须放在磁盘上 FreeBSD 分区以外的特定部分。
boot0 是非常简单的，因为在 MBR 里的代码只有 512 字节。 如果您安装了 FreeBSD MBR 且装了多个操作系统， 在引导时您会看到如下的内容：
其它操作系统，特别是 Windows® 95，以用自己的 MBR 覆盖现有 MBR 而著称。如果发生了这种事情，或者您想用 FreeBSD 的 MBR 覆盖现有的 MBR，您可以使用以下的命令：
# fdisk -B -b /boot/boot0 device
device 是要写入 MBR 的设备名，比如 ad0 代表第一个 IDE 磁盘，ad2 代表第二个 IDE 控制器上的第一个 IDE 磁盘， da0 代表第一个 SCSI 磁盘，等等。
如果您是 linux 用户，您可能更喜欢使用 LILO 来控制引导过程，您可以编辑 /etc/lilo.conf 文件，或者在安装 FreeBSD 过程中选择 Leave The Master Boot Record Untouched 选项。 如果您安装了 FreeBSD 引导管理器，您可以启动 linux 然后更改 LILO 的配置文件 /etc/lilo.conf，加入以下的选项：
other=/dev/hdXY table=/dev/hdb loader=/boot/chain.b label=FreeBSD
这样就可以通过 LILO 来引导 FreeBSD 和 linux 了。 在我们的例子中，我们使用 XY 确定驱动器号和分区。 如果您使用的是 SCSI 驱动器，您需要将 /dev/hdXY 改成 /dev/sdXY， 这里再次使用了 XY 的语法。 如果您安装的两个系统在同一驱动器上，loader=/boot/chain.b 选项可以去掉。现在您可以执行 /sbin/lilo -v 使修改生效。
概念上，第一，第二阶段同属于一个程序，处于磁盘的相同区域。但由于空间限制， 它们被分为两部分。可是您总是会一起安装它们。
它们放置在引导分区的引导扇区里。在引导扇区里能找到 boot0、MBR 以及其它用于引导系统的程序。/boot 目录下的文件是真实文件的拷贝，真实文件放置在 FreeBSD 文件系统之外。
boot1 非常简单，因为它再多也只能有 512 字节， 只能识别储存着分区信息的 disklabel， 及寻找执行 boot2。
boot2 稍微有点加强，能够理解 FreeBSD 的文件系统以便于寻找里面的文件， 能提供选择内核和加载器的简单界面。
因为 loader 有着更强的功能， 提供了一套易于使用的引导配置，boot2 一般都执行 loader， 但以前它的任务是直接运行内核。
如果您要更改已安装的 boot1 和 boot2，请使用命令 disklabel(8)。
# disklabel -B diskslice
diskslice 是用于引导的磁盘和分区， 比如 ad0s1 代表第一个 IDE 磁盘上的第一个分区。
dangerously dedicated如果您在 disklabel(8) 命令中只使用了磁盘名，比如 ad0，就会破坏磁盘上的所有分区。 这当然不是您所希望的，所以在按下 回车 之前 一定要对命令进行多次确认。
加载器 (loader) 是三个阶段中的最后阶段， 且是放置在文件系统之中的，一般是文件 /boot/loader。
loader 被作为一种友好的配置方式，使用了一组内建且易用的命令集。 这些命令由一个强大的多的解释器支持构建，其本身带有复杂得多的命令集。
初始时，loader 会探测控制台和磁盘，识别是从哪块盘引导的。 它会根据这些信息设置变量， 启动解释器以接受通过脚本或交互方式传来的用户命令。
loader 然后会读取并运行 /boot/loader.rc， 默认地读取 /boot/defaults/loader.conf 以设置可靠的默认变量，读取 /boot/loader.conf 对这些变量作本地修改。loader.rc 依据这些变量进行动作，加载任何被选择的模块和内核。
最后，默认地，loader 会停留 10 秒等待按键， 若没有发生中断，就开始引导内核。如果被中断，用户会得到一个命令行提示符， 在这里用户得更改变量、卸载所有模块、加载模块、最后引导 或重新引导。
这些是最常用的 loader 命令.对所有可用命令的解释请参见 loader(8)。
在给定的时间内如果没有中断发生就引导内核。它显示一个倒数计时， 默认的时间范围是 10 秒。
立即按照给定的选项 (如果有的话) 和内核名 (如果是内核的) 引导内核。
基于变量对各种模块进行自动配置 (和引导内核时发生的一样)。 您只须记住要先使用 unload 命令， 然后修改一些变量，比如 kernel。
显示从文件 /boot/loader.help 读取的帮助信息。如果给定的主题是 index， 那么列出来的是所有可用的主题。
通过给定的文件名处理文件。文件被读入，然后被一行一行地解释。 任何错误都会立即中止 include 命令。
加载内核、内核模块，或者是给定类型的文件 (通过给定的文件名)。 任何在文件名后面的参数都会被传给文件。
显示给定路径或者是根目录 (如果路径没有指定) 下面的文件列表。 如果指定了 -l 选项，文件大小也会显示。
列出所有可以加载模块的设备。 如果指定了-v 选项，会显示出更多的细节。
显示已被加载的模块。如果指明了 -v 选项， 会显示更多的细节。
显示指定的文件，每隔 LINES 停顿一次。
立即重启系统。
设置 loader 的环境变量。
移除所有已被加载的模块。
这里有一些实际中 loader 用法的示例
只是简单的引导默认内核，不同的是进入单用户模式：
boot -s
卸载默认内核和模块，然后加载旧的 (或者其它) 的内核：
unload load kernel.old
您可以使用被称为通用内核的 kernel.GENERIC， 或者您以前安装的内核 kernel.old (当您升级或配置了您自己的内核等时候)。
Note: 使用以下命令加载常用的模块和另一个内核：
unload set kernel="kernel.old" boot-conf
加载内核配置脚本：
load -t userconfig_script /boot/kernel.conf