O PHP suporta um operador de execução: acentos graves (``). Note que não são apóstrofes! O PHP tentará executar o conteúdo dos acentos graves como um comando do shell; a saída será retornada (isto é, ela não será simplesmente descarregada para a saída; ela pode ser atribuída a uma variável). A utilização do operador contra-apóstrofo é idêntica a função shell_exec().
<?php
$output = `ls -al`;
echo "<pre>$output</pre>";
?>
Nota:
O operador de execução fica desabilitado quando safe mode está ativo ou shell_exec() está desabilitado.
Veja também a seção do manual sobre funções de execução de programas, popen() proc_open() e Utilizando o PHP em linha de comando.