A választ Stig Bakken írta.

A CVS-ben a PEAR kódja csomagonként van tárolva, ahelyett, hogy ugyanolyan hierarchiában lenne, amilyenben telepítésre kerül majd. Például, ha az XML_RPC osztályt használni kívánjuk, az "XML/RPC.php" fájlt kell include-olni. Könnyen azt gondolhatjuk, hogy a CVS-ben is ugyanebben a struktúrában helyezkedik el, ám ez nem így van. Az XML_RPC egy független csomag a saját könyvtárával a CVS-ben, ebben az esetben az RPC.php a pear/XML_RPC/RPC.php elérési útvonalon található meg. A csomag leírófájlja (package.xml) határozza meg, hogy a fájlok végül hova kerülnek installálásra.

A CVS-ben azért ilyen struktúrában vannak tárolva a fájlok, mert ez leegyszerűsíti a csomagok adminisztrációját.