A választ Stig Bakken írta.

A php-src/pear/ könyvtár struktúrája megegyezik a telepítést követő struktúrával (alapértelmezésben /usr/local/lib/php), és a benne lévő fájlok egy egyszerű hierarchiába vannak rendezve. Ugyanakkor a pear/ könyvtárstruktúrája aszerint épül fel, hogy melyik fájl melyik csomaghoz tartozik. Egyáltalán nem biztos, hogy ezek a fájlok telepítéskor is ilyen struktúrában kerülnek egy adott rendszerre, ezt a csomag leírófájlja határozza meg.