A PEAR első elemei a pear-core/ (korábban php-src/pear/) könyvtárban voltak tárolva, így szállításra kerültek minden egyes PHP disztribúcióval.

A PEAR jelenlegi változatainál ez már nem működik, mivel a PEAR túl nagy ahhoz, hogy minden PHP disztribúcióba bekerüljön. Ezért az a döntés született, hogy minden elemet egy pear/ nevű felsőszintű könyvtárban helyezünk el. A többi elem, ami a php-src/pear könyvtárban van, hamarosan átkerül majd ebbe a könyvtárba. Csak a PFC kód és a PEAR csomagmenedzser kódja kerül majd szállításra minden új disztribúcióval automatikusan.